日本派代表要求清政府处理，而清政府以“生番系我化外之民”为由拒绝，结果在1874年（同治十三年），大日本帝国派兵攻打台湾南部牡丹社的原住民，是为牡丹社事件。
甲午战争后，签订的马关条约把台湾割让给了日本 1894年，日本在美英帝国主义的支持下发动了侵略中国的“甲午战争”。
由于清政府腐败，一味妥协退让，致使清军丧师失地：先败于朝鲜，后败于辽东，北洋舰队全军覆没。
清军全面溃败。
1661年（清顺治十八年，永历十五年）率军横渡台湾海峡，翌年击败荷兰东印度公司在台湾大员（今台湾台南市境内）的驻军，收复台湾，开启郑氏在台湾的统治。
郑成功收复台湾后仅4个月即病逝，时年仅39岁。
尔后其子郑经、孙郑克塽。
康熙二年（1663年），清朝出兵攻打郑氏据守在大陆上的最后一个据点厦门，郑经战败，退出厦门，逃奔台湾。
清朝乘胜派舟师出征台湾，在海上突遇台风，船只沉没，无功而返。
康熙六年（1667年），清廷派总兵孔元章，赴台湾议抚，。