主任科员是相对于正科职和正乡职对应的，最代级别的主任科员，就能达到最高职级的科员级别。
所以，主任科员是比科员高出很大一块的职务。
一般情况下，副科职如果升不到正科职，但资格又比较老，就会给予其一个主任科员的位置。
1、在性质上存在着不同：副主任科员和主任科员是副科级和正科级的非领导职务，这两个是有一定级别的科员，而科员是指尚无职务的公务员。
2、在序列上不同：公务员的职级分两个序列，一个是领导职务序列，一个是非领导职务。
以科级为例,由于三级主任科员的工资待遇高于副科实职,一级主任科员又高于正科实职,综合比对下来,副科实职为副科标配,四级主任科员在公务员队伍普遍被视为 “小副科” ,三级主任科员被视为 “大副科” ;正科实职为正科标配,二级主任科员被。
三者最大的区别，是行政职务与工资的不同。
科员、副主任科员、主任科员属于综合管理类的非领导职务，主任科员属于正科级，不是正科职，属于非领导职务，所以职位略低于现任科长、乡镇长等实职的正科级领导。
副主任科员即为副。
主任科员是正科级，属于非领导职务，所以职责略低于科长、乡长、镇长等领导职务的正科级。
主任科员属于正科级，但属于非领导职务，所以职责略低于现任科长、乡镇长等实职的正科级领导职务。
职务工资上有区别，实职正科级略高于。