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南京理工大学的专业主要分为理学、工学、管理学、艺术学、农学五大学科门类，其中理学包括数学、物理学、化学、地理学、天文学等；工学包括机械工程、电子信息工程、材料科学与工程、自动化、计算机科学与技术、生物医学工程、航空。
南京理工大学王牌专业有机械工程及自动化、化学工程与工艺、电子信息工程、自动化、材料科学与工程、测控技术与仪器、工商管理等。
理工类大学在我国高等院校中数量和规模是较大的，毕业生面向国民经济支柱行业就业，应用面宽，就业。
南京理工大学的王牌专业世界一流学科建设学科：兵器科学与技术一级学科博士学位授权点：兵器科学与技术、仪器科学与技术、控制科学与工程、机械工程、材料科学与工程、光学工程、化学工程与技术、力学、信息与通信工程、电子科学与。
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南京理工大学是隶属于工业和信息化部的全国重点大学，学校由创建于1953年的新中国军工科技最高。