拟时序分析指的是根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况，构建细胞谱系发育。
这个时间并不是真的时间，而是一个虚拟的时序列，是指细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。
monocle是我们经常用的拟时序分析工具，可以使。
参照官网教程： http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#getting-started-with-monocle 或在R中运行以下命令：Monocle是用于分析single-cell RNA-seq的R包，能够将细胞按照模拟的时间顺序进行排列，显示。
【Introduction】 Monocle介绍了使用RNA-Seq进行 单细胞轨迹分析的策略 ，能够将细胞按照模拟的时间顺序进行排列，显示它们的发展轨迹如细胞分化等生物学过程。
Monocle从数据中用 无监督或半监督 学习获得这个轨迹。
无监督：利。
采用devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3') 进行安装 在安装时出现报错rgdal的报错，把这个问题解决了，在进行devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3') 安装。
安装的问题太多了，还好。