1、分类不一样：外切酶按作用的特性差异可以将其分为单链的核酸外切酶和双链的核酸外切酶。
核酸内切酶分为DNaseⅠ和DNaseⅡ。
2、应用不一样：外切酶可以用来测定基因组DNA中一些特殊的间隔序列和编码序列的位置。
核酸内切酶可用。
核酸外切酶是一类能从多核苷酸链的一端开始按序催化水解3、5-磷酸二酯键,降解核苷酸的酶.其水解的最终产物是单个的核苷酸（DNA为dNTP,RNA为NTP）.按作用的特性差异可以将其分为单链的核酸外切酶和双链的核酸外切酶.单链的。
核酸外切酶是从双链核酸中的一条链的切口处，从5'端或者3'端逐个切下单核苷酸，即切断核酸的3',5'－磷酸二酯键，产生单核苷酸。
（注：核酸就是右单核苷酸通过3',5'－磷酸二酯键连接而成）
外切酶：从核酸一端一个一个的水解掉核苷酸.内切酶：从核酸内部特定位点切断核酸.