一、光源不同 光学显微镜采用可见光作为光源，电子显微镜采用电子束作为光源。
二、成像原理不同 光学显微镜利用几何光学成像原理进行成像，电子显微镜利用高能量电子束轰击样品表面，激发出样品表面的各种物理信号，再利用不同的信号。
光学显微镜与电子显微镜是两种不同的显微镜，二者在定义上，分类上，组成结构上有区别。
1、定义不同 光学显微镜（英文Optical Microscope，简写OM）是利用光学原理，把人眼所不能分辨的微小物体放大成像，以供人们提取微细结构信。
光学显微镜和电子显微镜的区别是：光学显微镜只能看到某些细胞结构，如细胞壁、叶绿体、染色后的染色体、线粒体、细胞核等，电子显微镜可以看到细胞器的内部结构以及象核糖体这样较小的细胞器。
电子显微镜所用的照明源是电子枪发出。
电子显微镜和光学显微镜的区别主要有以下四点：一、光源不同 光学显微镜采用可见光作为光源，电子显微镜采用电子束作为光源。
二、成像原理不同 光学显微镜利用几何光学成像原理进行成像，电子显微镜利用高能量电子束轰击样品表面，。