限制酶在原核生物中的作用是防止外来病原物的侵害，将外源DNA切割保证自身安全。
它能识别DNA分子的某种特定核苷酸序列，并切割两个核苷酸之间的磷酸二酯键，产生的末端有黏性末端（如EcoRⅠ切割的末端）和平末端。
作用： 能够识别双链DNA分子的某种特定核苷酸序列，并且使每一条链中特定部位的两个脱氧核苷酸之间的磷酸二酯键断开。
限制酶的生物学功能在于降解外面侵入的DNA而不降解自身细胞中的DNA，因自身DNA的酶切位点经修饰酶的甲基化修饰而受到保护。
限制酶较为稳定，常用的约100多种并已转化为商品。
限制酶在分析染色体结构、制作DNA的限制酶图谱、。
限制酶是细菌的一种防御性工具，当外 源DNA侵入时，会利用限制酶将外源DNA切 割掉，以保证自身的安全。
所以，限制酶在原 核生物中主要起到切割外源DNA，使之失效，从而达到保护自身的目的。
细菌中限制酶之所 以不剪切自身。