后者更好一些。独立学院就是现在说的三本，学费相对来说是比较高的。
两者的范围和组成不同。
1,独立学院，是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的，以实施本科学历教育为主的高等学校。独立学院是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业[1] 。独立学院，也常称为独立二级学院，是中国大陆的一种高等院校，专指由普通本科高校按照新机制、新模式、新运营体制举办的本科层次的二级学院。独立学院是2003年中华人民共和国教育部规范后的公有民办二级学院。
2,普通本科是高考时提前批，一本，二本，三本录取的本科。还有其他形式可以获得本科学历，如成人自考，助学班等，但这些形式都不被社会广泛认可。目前，我国有普通本科院校742所，这些学校都有普通本科学位的授予权。普通本科学历并不是相对重点本科学历而言的，普通本科院校相对的才是重点本科院校。我国的重点本科院校主要是指国家211工程院校，主要是在提前批次及第一批录取。
独立院校是我国教育史上的一个改革与创举，是为了引入民营资本。从而是民营资本与公办教师资源融合解决我国高等院校招生人数不足的问题。不过随着国家教育的改革，独立院校逐渐会消失，成为独立的民办院校。普通本科院校一般是指独立设置，或公办，或民办，没有交叉的资源。
一般认为，我国独立学院产生于1999年，以浙江大学与杭州市人民政府联合创办浙江大学城市学院为标志。在创办初期，这类机构统称为“二级学院”，后期则称为“民办二级学院”或“新制二级学院”，对申办高校的“依附性”是它们与生俱来的基本特征。 独立学院一般是由省级教育行政部门审批的，对于普通高校如何与非教育机构尤其是民营非教育机构或个人合作办学的问题，缺少可以依据的具体规程。因而审批机关只是把创办“二级学院”当做高校在其内部增设一个附属机构一样来处理，所以并不去严格把关申办高校的资质和办学条件，只要申报一般都能获得批准。正因为如此，这些“二级学院”并没有获得至关重要的独立办学资格。包括：一是不具有独立的学校名称。独立学院在初创时期一般叫做“××大学（学院）××学院”，也有叫做“××大学××分校”的，统称为“二级学院”。母体高校不仅是这些民办二级学院的申办者，也是他们的管理者和实际上的拥有者。二是不具有独立颁发学历文凭的资格。这一时期，独立学院颁发的学历证书的方式极不统一，有的学校以独立学院的名义颁发，有的学校则以母体高校的名义颁发。三是一般都没有获得国家的办学资格认证。根据我国的有关规定，本科院校的申办必须经由国家教育行政部门批准。但独立学院在初创时期缺少这一环节，因而在较长一段时期内一直处于国家宏观调控缺位的状态。
国内的“独立学院”都是民办的，而且独立学院与其挂靠的大学，完完全全就是两所互不统属的学校。
独立学院与其挂靠的大学，最大的区别在于毕业生取得的毕业正、学位正。
你可以参考一下广东省湛江市的公办大学“广东海洋大学”，与民办学校“广东海洋大学寸金学院”的毕业正，两者的学校名称明显有区别。公办院校“广东海洋大学”，颁发的毕业正、学位正，学校名称与印章均为“广东海洋大学”6个中文字的。而民办的“广东海洋大学寸金学院”颁发的毕业正、学位正，学校名称与印章均为“广东海洋大学寸金学院”10个中文字的。因为“广东海洋大学”与“广东海洋大学寸金学院”根本就是两家互不统属的学校。
正宗的公办大学“广东海洋大学”毕业正
民办学校“广东海洋大学寸金学院”毕业正（校名、印 章显著不同）